Die Ultraschalluntersuchung ist ein praktisch nebenwirkungsfreies Verfahren. Schädigungen sind nicht bekannt. Durch Ultraschall kann die körperliche Entwicklung des Ungeborenen beurteilt werden. Um hierbei möglichst viele Details zu erkennen, sollte eine solche eingehende Organdiagnostik in der 21./22. Schwangerschaftswoche stattfinden. Die Anatomie des Herzens und der großen Blutgefäße kann zusätzlich mit der farbkodierten Doppleruntersuchung - einer speziellen Ultraschallmethode - überprüft werden.
Auch bei guter Gerätequalität, Sorgfalt und Erfahrung der Untersucher werden jedoch nicht alle Fehlbildungen oder Veränderungen mit völliger Sicherheit ausgeschlossen. Die Untersuchungsbedingungen in der Schwangerschaft können durch eine geringe Fruchtwassermenge, eine für die Betrachtung ungünstige kindliche Lage oder ein kräftige mütterliche Bauchdecke erschwert sein. Es ist möglich, dass kleinere Defekte nicht erkannt werden können, z.B. ein Loch in der Herzscheidewand, eine Lippen-Kiefer-Gaumenspalte, kleinere Defekte im Bereich der Wirbelsäule oder Finger- und Zehenfehlbildungen.